清朝早期，康熙(魏千翔 饰)皇帝尚且年少，奸臣从中掌握政权，生灵涂炭。“六合会”是一个颠覆清朝的民间组织。“六合会”首领陈近南(祝延平 饰)（刘松仁 饰）在一次行动中幸得韦小宝(黄晓明 饰)（周星驰 饰）相救，小宝就此进入六合会，被派到王宫当卧底，盗取藏有清朝秘密的四十二章经。聪明灵巧的小宝很快便成为了皇上的亲信，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要履行使命却又跟皇帝成为了好同伙。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南也找到了他，并派人监视他回到王宫。不久，小宝便遭到了鳌拜(赖水清 饰)联盟以及假太后(米雪 饰)的追杀，与六合会的人大战起来。
